二十世纪最后的夏天。那一天，人类终于知道自己并非地球这颗行星唯一的统治者。 巨型生物「怪兽」，以及驱逐怪兽的终极存在「哥斯拉」出现了。经历与怪兽之间长达半个世纪的战争，人类屡战屡败，最终计划逃出地球。2048年，经过中央政府管理的人工智能筛选，一部分人类乘坐跨恒星移民飞船「阿拉特拉姆」号踏上了前往11.9光年之外的「鲸鱼座τ星e」的旅程。然而，人类花费20年所抵达的星球与地球之间的环境差距远超预期，不适宜人类生存。 移民飞船上有一名青年——晴雄。4岁的时候，他亲眼目睹父母被哥斯拉杀害。20年来他始终想着回到地球消灭哥斯拉。移民的可能性已经灰飞烟灭，飞船内的生存环境也越发恶劣，以晴雄为中心的「重返地球派」成为主流，他们决定经过危险的长距离亚空间航行返回地球。 然而，地球经过2万年的演化已经形成了以哥斯拉为顶端的生态体系，完全成为了一个未知世界。 最终人类能否夺回地球？晴雄的命运又将如何？

一场大规模的恐怖袭击，一个牵扯无数内幕的神秘组织，这个关乎整个东京的可怕计划即将拉开帷幕…首脑云集的东京峰会举办在即，会场突然发生超大规模的爆炸事件，不仅在现场发现行踪诡异的安室透，毛利小五郎更是惨遭陷害。面对最危险任务，最烧脑的推理，最艰难的博弈，柯南能否在迷雾中寻找到唯一的真相。

影片以一个警察自杀的场面开始。接着一个冷漠粗暴的男子在夜总会里痛殴黑帮小喽罗，却被该黑帮的老大看中请他做事，他很快成了帮会里的红人。与此同时他又和该帮会的死对头频繁接触，引发了两派之间的激烈斗争。原来这一切都是由于那起自杀事件所引起。