国民党军医彭天戈的父亲彭振才受政府秘密委派，假意投敌。彭天戈为证明父亲清白，遭日本特务陷害，被判死刑。民间爱国锄奸组织头领火麒麟将其救下，并将彭天戈培养成令敌、伪胆寒的顶尖杀手。共产党地下特工宋卓凝利用分享者电视军统情报人员的身份多次搭救彭天戈，引导彭天戈走上革命道路，并与之产生感情。由于背负罪名，彭天戈与昔日恋人柳沉雪无法相认。柳沉雪遂与另一江湖杀手杜善起走到了一起。杜善起为日本皇族后裔，被爱国义士杜定海从小收养，却唯利是图。柳沉雪的真实身份是日本特务，她将杜善起推入了日伪的怀抱，沦为特务鹰犬。于是，彭天戈与杜善起在战场上几番较量。最终柳沉雪逃不脱情殇，为救彭天戈丧命。最后一场厮杀中，一对杀手冤家的角逐分出了胜负，杜善起被彭天戈铲除。彭天戈带着重伤的宋卓凝和父亲前往延安。

该剧讲述四十年代的旧中国，独立检察官包天来到罪恶横行的德城，与探长公孙泽、探员阿展、法医胡雪莉联手打击罪恶。死亡天使“蓝信人”在江南造船厂制造的“惊天爆炸案”，唯利是图不择手段的古玩商赵大犯下的“文物大劫案”，市议长遭遇的“婴儿绑架案”等一系列最疑难最棘手的重案均被包正等人侦破，而一个超级犯罪集团“孔雀眼”则成了他们最强大的对手。最终，青春热血的神探联盟粉碎了“孔雀眼”的巨大阴谋，邪恶的罪犯难逃法律的严惩。